V blízkosti obce se nacházejí mohyly lidu mohylového, který žil na Zemi již před 4000 lety. Ze středověku je zmiňována existence panského dvora v dnešní části obce Čtyři Chalupy.
Vznik Včelné je datován rokem 1784. Osada vznikla spontánně při nové císařské silnici z Budějovic do Lince v půli cesty mezi Kamenným Újezdem a Rožnovem.
Po výstavbě silnice zůstal na staré trase opomíjen poříčský hostinec. Majitel žádal o povolení k jeho přeložení k nové silnici, avšak jeho žádost byla budějovickými úřady zamítnuta. Hostinec, později známý Kalkušovec čp. 13, byl tedy jako jeden z prvních domů budoucí Včelné postaven bez povolení. Kolem něho vyrůstaly v lesním průseku podél silnice domy další. Původní obyvatelstvo osady bylo asi z poloviny české a z poloviny německé.
Historicky je Včelná spjata se starším Poříčím. Zcela samostatnou obcí je od roku 1930. K odluce od Poříčí došlo z iniciativy poříčských. Poříčí samotné později zaniklo sloučením s obcí Boršov nad Vltavou.
V německých úředních listinách z konce 19. století se vyskytuje dvojí jméno obce - Binnendorf (Vnitřní ves či Mezives) a Bienendorf (Včelí ves). Zhruba od roku 1810 nalézáme v záznamech již pouze pojmenování Bienendorf (Včelná). Kromě možného omylu písařů při opisování jména je též možné, že německy hovořící obyvatelé výslovnost jména obce komolili, čímž docházelo k záměně pojmenování.
Česky hovořící obyvatelé nazývali v dřívějších dobách Včelnou jménem Bory či Na Borech. Toto pojmenování bylo odvozeno od okolního borového lesa.
Již od samého vzniku obce měla pro ni velký význam formanská doprava. Přinášela do obce pracovní příležitosti, finance i informace o světě. Za jeden den projelo obcí po důležité obchodní cestě spojující Čechy s Horním Rakouskem až 150 nákladních, poštovních a osobních povozů.
Po zbudování koněspřežní trati z Budějovic do Lince bylo ve Včelné též nákladní nádraží koněspřežky. Doposud je zachován státem chráněný strážní domek koněspřežní dráhy čp. 242 v části Lesní kolonie. Silnice obcí procházející a koněspřežka ji lemující měly značný vliv na život původních obyvatel a rozvoj obce. Symbol formanství a koněspřežky se objevuje v heraldickém znaku obce v podobě podkovy.
Původní sídelní jádro obce bylo tvořeno řadou domků kolem hlavní, tzv. linecké silnice, dnes tř.5.května. Centrem byl zájezdní hostinec čp. 13. Od silniční centrální části obce byly odloučeny dva sídelní okrsky: Stará Včelná a Čtyři Chalupy.
Okrsek STARÁ VČELNÁ s původně včelenskými domy čp. 1 a 2 leží dnes na území sousedního Boršova. S centrální Včelnou byl spojen cestou vedoucí přes mostek nad tělesem železnice. Zbytek spojovací cesty nese dnes jméno ulice Na Vyhlídce. Mostek byl v 70. letech tohoto století zrušen.
ČTYŘI CHALUPY existují jako část obce dodnes. Jsou osídlením starší než centrální Včelná. Kromě zaniklého sídliště středověkého zde byla i v 17. a 18. století malá osada zvaná Dörfless čili Vesce. V 60. letech 20. století připadla Včelné část rožnovského katastru.
Tím byl k obci připojen další okrsek zvaný LESNÍ KOLONIE s několika architektonicky a historicky zajímavými stavbami.
Jednou z nejstarších památek je kaplička "Na rozloučenou" ze samotných počátků obce nacházející se na hlavní třídě nad odbočkou do Čtyř Chalup. 31. října 2004 byla v kapličce odhalena socha sv. Jana Nepomuckého a kaplička byla znovu vysvěcena.
Charakteristická pro Včelnou je i soukromá kaple na hlavní třídě u domu čp. 24 postavená roku 1900. Na nejvyšším místě obce v lese "Na hraničkách" se nachází památný kříž, k němuž se váže legenda o zázračném nalezení monstrance odcizené z černického kostela v roce 1845.
Architektonicky zajímavé jsou především vily z počátku 20. století v Lesní kolonii tvořící původně komplex ozdravných penzionů, letních bytů a restaurací.